现在，香港地铁收费分成人及特惠两种。12岁以下的小童、65岁或以上的长者、12-25岁的全日制学生才可使用特惠票。3岁以下的小童则可免费乘搭。不同于其他不少地铁系统，香港地铁收费并非划一，而是根据路程长短而定。所乘搭的站数越多，收费就会越高。一般路线的成人单程收费由3.8港币至14.1港币不等。特惠票价约为成人票价之一半。
付款方法有3种：八达通、单程票及旅客票。
八达通
八达通是香港其中一种电子收费系统，卡片的大小和信用卡相同，内置芯片，使用时把卡片放在接收器上即能完成付款过程。而香港地铁就是一个最常用到八达通的服务。除了机场快线，香港地铁为八达通使用者提供优惠。例如来往金钟及尖沙咀，成人八达通收费为7.7港币，但单程票收费则需8.5港币。（注：八达通还有多种用途，详见八达通）
单程票
单程票是一种附有磁带的车票，于入闸前先行购买。车站大堂设有自动售票机，售卖各种单程票。然而，香港地铁不设有双程票，原因是铁路不定向，但机场快线除外。
旅客票
旅客票分为两种，分别是一日内任意乘搭的通行票（售价50港币，车票于发票当日起30日内有效。于车票有效期内任何1天无限次乘搭港岛、荃湾、观塘、将军澳、东涌及迪士尼线。）；及3日内任意乘搭，附有机场快线单程/往返程的通行票（售价220 /300港币)。旅客在购买旅客票时，需要提供旅客证明文件，例如护照。
特别版纪念票
每逢新年或是有新的卡通片上映或地铁公司周年纪念, 地铁都会推出新的车票. 这些车票表面印上了特别图案, 每张都可支付一程或来回费用（大部分不包括机场快线）.
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